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[출처] http://www.xpressengine.com/tip/18342575

저와 같은 고민을 하고 계시는분이 있다면 이와 같이 하실때 효과를 볼 수 있습니다.

MySQL server has gone away 에러는 DB에 패킷을 보내는 시간이 짧거나, 중간중간 timeout 에러가 일어나는
현상 입니다. 이로 인해서 DB 가 꼬이기 시작합니다. 아주아주 마구 XE DB 가 꼬입니다.

특히 File DB쪽이 심하게 꼬이고.. 연관 Document 도 같이 꼬이기 시작합니다.

대부분 초기 설치자는 문제가 없지만, Zeroboard4 를 운영하다가 DB 이전시 대용량 파일이라던지, 어떠한 특수경우의
게시물로 인하여 에러가 떨어지게 될 수도 있습니다.

또는 호스팅 업체의 서버 자체가 ... 셋팅이 너무 기본적이여서 그럴수도 있겠죠. 저 같은 경우 cafe24 64bit 광호스팅을
사용하고 있습니다. 공용서버라서 마음대로 할수가 없죠.

--------- 답변 원문 -------------
안녕하세요. 
카페24호스팅입니다. 

공용서버에서 mysql설정 변경은 어렵습니다.
mysql_connect시 new_link flag를 true로 설정 후 테스트 부탁드립니다.
동일 문제 발생시에 테스트경로를 알려주시면 확인 하도록 하겠습니다.

감사합니다.

------------------------------------------------------------------------
해결되었습니다.

설치계정/classes/db/DBMysql.class.php 
80 line 정도에 new_link flag 를 추가 합니다. 그것은 바로 true
원본코드: $this->fd = @mysql_connect($this->hostname, $this->userid, $this->password);
수정코드: $this->fd = @mysql_connect($this->hostname, $this->userid, $this->password, true);

참 쉽죠잉?? -_-; 해결 끝!!

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// 접속시도 
$this->fd = @mysql_connect($this->hostname, $this->userid, $this->password, true);
if(mysql_error()) {
    $this->setError(mysql_errno(), mysql_error());
    return;
}

소스를 건드리는게 싫고, Mysql 설정을 변경할수 있으신 분은 
http://blog.naver.com/icecom/80054230974


도움 되었길 바랍니다.


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